Quatre vagues d’immigrants francophones ont colonisé la région de Lafontaine au début du XIX^e siècle. La première vague de colons métis et de canadiens-français, étaient d’anciens voyageurs – commerçants de fourrures venus de Montréal à l’intérieur du pays pour faire la traite avec les peuples autochtones — et leurs familles, qui s’étaient établis sur l’île Drummond, mais se sont vus obliger de quitter l’île lorsqu’elle a été cédée aux États-Unis après la Guerre de 1812.

L’abbé Amable Charest a créé I’élan pour l’arrivée du prochain groupe de colons. Originaire de Sainte-Anne-de-la-Pérade près de Trois- Rivières, Québec, le Père Charest était missionnaire à Penetanguishene. Conscient du potentiel agricole de la région, l’abbé a encouragé les familles de sa province natale à venir s’établir dans les nouvelles concessions.

En 1841, la première vague de familles québécoises est arrivée de Batiscan. Cette vague était suivie d’un groupe de familles de Joliette et, plus tard, d’un groupe de Vaudreuil-Soulanges.

Sans église dans la région, les paroissiens devaient se rendre à la messe à Penetanguishene ( à 15 kilomètres de distance). En 1850, pour répondre aux besoins spirituels des nouveaux arrivants, le Père Charest a commencé à célébrer la messe dans une maison privée sur la Concession 16 de Tiny; il a fondé la mission de Sainte-Croix la même année.

Construite en 1856, la première chapelle de Sainte-Croix était une structure en bois rond située directement devant l’église actuelle. Arrivé de Québec en 1861, l’abbé Étienne Gibra était le premier prêtre permanent de la mission.

Le Père Gibra a agrandi la chapelle en rondins et y a ajouté une sacristie. En 1870, il a également supervisé la construction d’une deuxième chapelle en rondins, à 10 kilomètres de distance au sud, pour mieux servir les immigrants irlandais catholiques qui s’étaient établis près de l’actuel village de Perkinsfield.

La construction de l’église et du presbytère actuels a débuté en 1873, sous la supervision pastorale de l’abbé Joseph Michel. Lafontaine n’était pas une communauté riche et le Père Michel, qui avait reçu un important héritage de sa famille, a payé la plupart des dépenses de sa poche.

Tout le matériel utilisé dans la construction de la nouvelle église était de source locale : les pierres des champs provenant des fermes voisines forment la fondation; les arbres locaux ont été abattus et les billots transformés en planches aux scieries avoisinantes; le paroissien Louis Thanasse s’est occupé de la formation et de la cuisson de briques faites d’argile extraite tout près; et les colonnes, arcs et travaux de menuiserie intérieurs ont été sculptés à la main par les menuisiers locaux.

Achevée en 1877, la nouvelle église se trouvait derrière l’église antérieure qui a continué à servir aux services religieux avant d’être démolie.

En 1884, le Père Michel étend sa générosité à la communauté de Perkinsfield en payant personnellement la construction de la nouvelle église St. Patrick qui remplacerait la chapelle en rondins du Père Gibra. L’année suivante, il a également organisé et payé la construction d’un couvent et d’une école pour filles à Lafontaine, à côté de l’église Sainte-Croix.

En 2000, Sainte-Croix a commémoré la présence historique des francophones catholiques en Ontario grâce à l’installation d’un vitrail triptyque représentant la messe célébrée en 1615 par le père Joseph Le Caron, missionnaire pionnier, en présence de Samuel de Champlain au village Huron de Carhagouha, situé à quatre kilomètres d’ici.